PCR具有高靈敏度，可擴(kuò)增小量DNA，但如果不采取正確的防護(hù)措施，它的高靈敏度同樣會(huì)帶來麻煩。我們一定要遵守實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可的操作程序；這樣才能避免高濃度DNA的污染例如來自DNA分析人員自身的DNA。但是重要的是我們要記住，一旦發(fā)生了污染，可能導(dǎo)致“排除”或“不能確定”的結(jié)論。

    污染就是在試驗(yàn)過程中偶然發(fā)生的DNA轉(zhuǎn)移。PCR過程存在三個(gè)可能的污染源：環(huán)境中基因組DNA造成的樣本污染；DNA提取階段樣本間的污染；前一次PCR反應(yīng)擴(kuò)增產(chǎn)物的污染。第一種污染源很大程度取決于犯罪現(xiàn)場樣本的采集和證據(jù)采集人員采取的防護(hù)措施。環(huán)境污染只能在一定程度上用“載體對(duì)照”的方法進(jìn)行監(jiān)控。其他兩個(gè)來源的污染可以通過遵守規(guī)范的實(shí)驗(yàn)操作程序和劃分工作區(qū)域來控制，甚至消除。

    設(shè)置陰性對(duì)照，檢測PCR反應(yīng)試劑和試管是否污染，就可監(jiān)測是否可能存在實(shí)驗(yàn)室的污染。陰性對(duì)照是指在整個(gè)法醫(yī)案件樣本檢測過程中同時(shí)檢測一個(gè)空白樣本。與其他樣本中DNA模板等量的純水加入作為陰性對(duì)照的PCR反應(yīng)體系中。如果在陰性對(duì)照中檢測到任何PCR產(chǎn)物，就應(yīng)當(dāng)在下一步驟前找出污染，并將其消除。

    在對(duì)可能的PCR污染源的系統(tǒng)檢測中，Henry  Lee和他的同事們發(fā)現(xiàn)在正常的檢案環(huán)境中不會(huì)出現(xiàn)PCR污染。他們應(yīng)用反向斑點(diǎn)雜交法檢測AmpliType  PM和DQA1系統(tǒng)，檢測了在PCR過程中可能會(huì)造成污染的四個(gè)環(huán)節(jié)：PCR擴(kuò)增設(shè)備、PCR產(chǎn)物處理、氣溶膠和DNA保存。在這些研究中，只有嚴(yán)重違反實(shí)驗(yàn)室實(shí)施的防護(hù)措施，才會(huì)出現(xiàn)可檢測到的污染。他們得出的結(jié)論，僅是撿到的操作不慎不會(huì)導(dǎo)致污染的發(fā)生。

    每個(gè)實(shí)驗(yàn)室應(yīng)當(dāng)存有實(shí)驗(yàn)室工作人員基因型，以便發(fā)現(xiàn)來自實(shí)驗(yàn)室工作人員的任何DNA污染。所得到的DNA分型結(jié)果常常要經(jīng)過“內(nèi)部人員污染消除數(shù)據(jù)庫”搜索之后，才能認(rèn)定其反映了物證的遺傳信息，而不是來自實(shí)驗(yàn)室工作人員的污染。只有在整個(gè)實(shí)驗(yàn)村子失誤時(shí)，才會(huì)得出兩種DNA的混合分型結(jié)果。進(jìn)行混合樣本分析時(shí)，通過與實(shí)驗(yàn)室工作人員的基因型比對(duì)，這種錯(cuò)誤很容易發(fā)現(xiàn)。有關(guān)人員已經(jīng)開發(fā)出一些專家系統(tǒng)軟件用于幫助檢測批量樣本中潛在的交叉污染。