親子鑒定中不同男性個體混合斑如精液-精液、血液-血液、血液-唾液等不同男性個體的混合物，提取的DNA顯然是多個個體混合材料，不同個體DNA無法區(qū)分，此時檢驗Y染色體特異遺傳標(biāo)記可能有所幫助。例如強奸案件中的精液斑，檢驗Y染色體特異的STR基因座常常可以確定精液供者的人數(shù)。此時雖然不能從混合物分析中直接推斷出各個強奸犯的單倍體，但可以對混合物和嫌疑人的單倍型分析直接比對，可望獲得犯罪的線索。

    在親子鑒定個體識別中，當(dāng)采用多個Y染色體特異STR基因座進(jìn)行檢驗時，聯(lián)合識別力可能達(dá)到很高。但Y-STR基因座等位基因是單倍體，各基因座的遺傳是連鎖的；同一父系的男性，具有同樣的單倍體，因此Y-STR多態(tài)性作個人識別有一定局限性。有實際意義的是Y-STR單倍體不一致時，可以做出否定的結(jié)論。