STR基因座由于串聯(lián)重復(fù)序列只有2-7bp，等位基因片段比較小，等位基因數(shù)目相對有限，較容易擴增，各基因座之間擴增條件基本相似；片段長度范圍小，因此幾個不同的基因座可以安排在同一反應(yīng)管中進行擴增，這種把二個或二個以上的基因座放在同一個反應(yīng)管中同時擴增，叫復(fù)合擴增。單個STR基因座擴增等位基因數(shù)少，信息量有限，實際案件鑒定常須聯(lián)合檢測8-12個基因座，才能達(dá)到類似DNA指紋的同一認(rèn)定水平；多個STR基因座復(fù)合擴增，明顯提高了單次檢測信息量，一次檢測可以達(dá)到個人同一認(rèn)定，但靈敏度比單基因座擴增低。例如四基因座復(fù)合擴增體系，其靈敏度為100pgDNA，低于100pg基因組DNA復(fù)合擴增時會出現(xiàn)一些等位基因丟失現(xiàn)象。
不論STR的單基因座擴增還是多基因座復(fù)合擴增，PCR反應(yīng)體系仍由PCR反應(yīng)緩沖液、dNTPs、模板DNA、引物、DNA聚合酶即Mg2+成分組成，只是復(fù)合擴增中引物的對數(shù)相對多些。在確定復(fù)合擴增反應(yīng)熱循環(huán)參數(shù)時，擴增條件并不是每個基因座所特異的、最適的，故在實驗設(shè)計時要考慮到各基因座間擴增效率的均衡。
