為發(fā)揮Y-STR家系排查法的巨大作用，建立全國(guó)性統(tǒng)一數(shù)據(jù)庫(kù)是最直接、最有用的方法。但是目前，我國(guó)DNA數(shù)據(jù)庫(kù)尚未對(duì)Y-STR基因座統(tǒng)一建庫(kù)，各地僅少量地區(qū)建立了區(qū)域性的Y-STR數(shù)據(jù)庫(kù)，這其中有多方面的因素，因此利用Y-STR家系排查法進(jìn)行比對(duì)排查缺乏一定的基礎(chǔ)。如果能夠開(kāi)發(fā)區(qū)域性家系Y-STR數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用系統(tǒng)，Y-STR檢測(cè)技術(shù)無(wú)疑將為案件偵破提供更多且更有價(jià)值的線索。如何開(kāi)發(fā)區(qū)域性Y-STR數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用系統(tǒng)乃至全國(guó)性數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用系統(tǒng)需注意以下幾個(gè)方面的問(wèn)題。
     （1）地域的選擇
      Y-STR家系排查法多應(yīng)用于農(nóng)村地區(qū)，特別是以家族式群居的自然村落。而且我國(guó)是一個(gè)多民族國(guó)家，56個(gè)民族有著各自的民俗、風(fēng)情、生活**慣和群居地。特別是一些少數(shù)民族，民族特征明顯，對(duì)外交流少，在民族的演化過(guò)程中有著很強(qiáng)的父系群體遺傳特征。具有這些特征的居住人群遺傳關(guān)系相對(duì)穩(wěn)定，適合溝通Y-STR基礎(chǔ)數(shù)據(jù)庫(kù)。近年來(lái)，符合以上環(huán)境特征并且通過(guò)Y-STR家系排查鎖定犯罪嫌疑人的案件屢有報(bào)道。
      （2）基因座的選擇
      目前為止，可用的Y-STR遺傳標(biāo)記有四百多種，并且將來(lái)有更多的Y-STR遺傳標(biāo)記被發(fā)現(xiàn)和應(yīng)用。建庫(kù)時(shí)需要選擇符合擴(kuò)增能力強(qiáng)，多態(tài)性高，并且適合中國(guó)人群的基因座。隨著Y-STR基因座數(shù)目的不斷增加，無(wú)血緣關(guān)系的男性個(gè)體擁有過(guò)同一單倍型的機(jī)會(huì)則不斷減少。但是，選擇什么樣的遺傳標(biāo)記，選擇多少個(gè)遺傳標(biāo)記，還需要對(duì)這些基因座的多態(tài)性進(jìn)行相關(guān)研究，不斷完善各個(gè)基因座的群體遺傳學(xué)參數(shù)，從而來(lái)篩選能夠滿足建庫(kù)所需的基因座。國(guó)內(nèi)已有不少群體相關(guān)數(shù)據(jù)資料的報(bào)道。目前有研究稱，五核苷酸和六核苷酸重復(fù)單位的基因座比三核苷酸和四核苷酸重復(fù)單位的基因座突變率更低，在群體遺傳學(xué)和進(jìn)化學(xué)研究中的意義更大。
      （3）數(shù)據(jù)庫(kù)中人員樣本的選擇
      如何能夠向上溯源，且使劃分的家系少而精，同時(shí)還能做到全面、完整，這是一個(gè)重點(diǎn)，也是一個(gè)難點(diǎn)。可以設(shè)想以村小組為單位，對(duì)村落家系進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，同時(shí)對(duì)遷入和遷出人員進(jìn)行備案，然后交由辦案人員進(jìn)行梳理，繪制出全面準(zhǔn)確的家系圖，然后層層遞進(jìn)，最終得到某個(gè)地區(qū)總的家系分布圖。在上述基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)每個(gè)家系選取幾名代表性人員進(jìn)行采樣，然后檢測(cè)Y-STR分型。
      （4）突變問(wèn)題
      Y-STR基因座的突變率與常染色體STR基因座接近，為0.1%-0.2%，因此，在建立Y-STR數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)要充分考慮到隨機(jī)突變帶來(lái)的問(wèn)題。對(duì)于入庫(kù)個(gè)體的背景資料和親緣關(guān)系要盡可能詳近，以便于日后查找溯源。