SNPlex系統(tǒng)通過對片段化后的模板進行連接反應(yīng)，將連接產(chǎn)物純化后用通用引物進行擴增，通過生物素與鏈霉親和素的共價結(jié)合錨定在雜交板上后，用檢測探針與錨定產(chǎn)物進行雜交，然后洗脫探針進行電泳分型檢測(Tobler et a1．，2005; De LaVega et al.,2005)。
      寡核苷酸連接反應(yīng)包括模板的活化和連接兩個部分，活化是指在特定條件下利用分子的熱碰撞原理使一定濃度、一定體積的模板DNA均勻分散為可使用的DNA片段，我們稱之為片段化過程。分散為片段的模板DNA在ATP存在的條件下，與環(huán)境中的連接子和探針結(jié)合在一起，稱為寡核苷酸連接反應(yīng)。每個SNP位點的反應(yīng)都會使用兩個通用的連接子和三條位點相關(guān)的探針——分別是兩條等位基因特異性寡棱苷酸探針和一條位點特異性寡核苷酸探針。對于一個SNP位點而言，在單鏈上僅是一個堿基的位置，在SNPlex系統(tǒng)中，位點之前的序列被設(shè)計成為等位基因特異性寡核苷酸探針ASO的一部分，而位點之后的序列被設(shè)計成為位點特異性寡核苷酸探針的一部分。等位基因特異性寡核苷酸探針ASO的另外一部分是具有標(biāo)記性質(zhì)的ZipCode序列，ZipCode序列可以和與之嚴(yán)格互補配對的ZipChute探針相結(jié)合。位點特異性寡核苷酸探針的另一部分由通用引物的反向互補序列構(gòu)成。兩個連接子中，等位基因特異性寡核苷酸探針連接子由帶有通用引物的正向互補序列的部分和與ASO探針中ZipCode序列互補的部分，以及一個帶有特異性酶切位點的發(fā)夾結(jié)構(gòu)共同組成；位點特異性寡核苷酸探針連接子僅由一個帶有特異性酶切位點的發(fā)夾結(jié)構(gòu)和一段與通用引物的反向互補序列互補的部分構(gòu)成。在特定條件下，探針會與模板互補結(jié)合，也會在ATP存在的條件下與其他部分連接在一起，形成一個半閉環(huán)結(jié)構(gòu)。在特異性酶的作用下，單鏈DNA被水解，而具有保護性接頭的連接產(chǎn)物得以純化成為PCR反應(yīng)的模板，并在含有單向生物素標(biāo)記的通用引物作用下完成復(fù)合擴增。，將擴增產(chǎn)物加入固定右鏈霉親和素的雜交板進行第一次雜交反應(yīng)后，將沒有雜交結(jié)合的產(chǎn)物洗脫，再加入與ZipCode序列嚴(yán)格互補配對的ZipChute探針進行第二次雜交，純化并收集ZipChute探針進行電泳檢測。