常染色體遺傳標記，例如13個核心STR基因座，在每一子代進行重新組合，這是因為一個個體的遺傳信息一半來自他／她的父親而另一半來自他／她的母親。但是，在討論的Y染色體及線粒體遺傳標記則代表的是“家系遺傳標記”，除非發(fā)生突變，它們毫無變化地世代相傳。線粒體DNA為母系遺傳而Y染色體遺傳標記則是父系遺傳。

      對于這些家系遺傳標記，一個個體只有單一等位基因，因此從每個遺傳標記獲得的遺傳信息往往用單倍型而不是基因型來表述。Y染色體遺傳標記連鎖在同一條染色體而且在每一子代中并不進行重組，用統(tǒng)計學計算隨機匹配概率時并不能簡草的相乘。因此使用家系遺傳標記來區(qū)分兩個個體時不能像那些彼此不連鎖而且在遺傳時隨機分離的常染色體遺傳標記那樣有效。但是正如我們法醫(yī)DNA分型中討論的那樣，Y染色體及線粒體DNA遺傳標記在法庭調(diào)查中仍然發(fā)揮著重要的作用。