在固體支持物上電泳時，異質(zhì)雙鏈DNA (heteroduplex，HTX)構象的變化決定了其電泳遷移率不同于純合雙鏈( homoduplex)。基于這一原理的HTX分析，主要是把野生型和突變型雙鏈擴增產(chǎn)物同時變性并混合復性，通過EB染色顯示最終的電泳條帶，分析相應序列結構的構象所決定的遷移位置變化，進而判斷突變的有無。因為SSCP技術不能檢測沒有導致遷移變異的突變多態(tài)性， HTX分析與SSCP技術的聯(lián)合使用將會使結果更加可信。同時，HTX方法也避免了同位素的使用。