在擴增犯罪現(xiàn)場提取的DNA樣本時所面臨的另外一個困難是，樣本本身所含的抑制物會干擾PCR擴增過程。室外犯罪可能會將一些體液，如血液、精液遺留在土壤、沙子、木頭或樹葉上，這些載體所含的物質(zhì)會隨著罪犯的DNA一起提取，抑制PCR擴增。室內(nèi)犯罪現(xiàn)場提取的紡織品染料、羽毛和木纖維乜含有DNA聚合酶的抑制劑。
      抑制物可以下列方式抑制目的片段擴增：①干擾DNA提取中的細胞溶解過程；⑦通過 降解或結(jié)合核酸發(fā)揮抑制作用；③抑制聚合酶活性；阻礙目的DNA的擴菇（Wilson,1997）。衣物上的織物染料或紅細胞中的血紅蛋白等物質(zhì)有時會和DNA -起在DNA提取過程中保留下來，它會抑制聚合酶，干擾PCR的正常進行（Akane et aJ．，1994；De fanchis et a1．．1988： RAdstrom et al．，2004）。
      擴增含有血紅蛋白等抑制物的樣本時會出現(xiàn)大片段STR基因座的等位基因丟失，甚至所有基因座的擴增失敗。表7-2列出了一部分會干擾PCR擴增的抑制物。帶有PCR抑制物的樣本會得到部分分型結(jié)果，與降解DNA樣本的分型圖譜相似(Applied Biosystems, 1998)。因此，造成大片段STR基因座擴增失敗的原因可能是因為降解DNA中沒有足夠的完整DNA模板，也可能是抑制物含量過高，抑制聚合酶活性。既然小片段比大片段的PCR擴增效率更高，那么短片段STR擴增將有助于獲得遺傳信息。 
      去除PCR抑制物的方法
      最近發(fā)表了一篇很好的綜述，介紹如何得到適合PCR擴增的樣本(Radstrom et al.，2004； Wilson，1997)。采用下列的一項或幾項方法就可以去除PCR抑制物或消除它們的影響。稀釋基因組DNA模板，PCR抑制物同時也會被稀釋，然后在體系中的抑制物減少了的情況下重新擴增。也可以增加DNA聚舍酶的量克服抑制物。用這種方法，部分Taq聚合酶與抑制物結(jié)合，避免抑制物參與反應，這樣，其余Taq聚合酶就可以有效地擴增模板DNA。另外，除Taq聚合酶以外的其他的一些DNA聚合酶可以好地擴增血液和糞便樣本，而這些樣本在用Taq聚合酶擴增時通常會抑制PCR過程。
      在PCR反應體系中，添加小牛血清白蛋白( Comey et al.，1994)或甜菜堿(Al.Soud and RAdstrom，1998)等物質(zhì)可以防止或減少PCR抑制物的作用。此外，用氫氧化鈉處理DNA模板，也可以消除Taq聚合酶抑制物的影響。已經(jīng)證明添加硫酸胺鋁對避免抑制物與DNA一起從土壤樣本中同時純化出來非常有幫助( Braid et al.，2003)。最后，在PCR擴增前，可進行一次純化，將提取出的DNA從抑制成分中分離出來。有研究者使用Centricon-100及Microcon-100濾過器或低熔點瓊脂糖凝膠柱( Moreira，1998)進行純化，減少PCR擴增的抑制。