PCR的敏感性需經(jīng)常向?qū)嶒炇胰藛T強調(diào)，以確保沒有影響DNA分型結(jié)果的污染。由于該技術(shù)對低量DNA的敏感性，PCR反應(yīng)的污染總是被關(guān)注。檢驗者如操作PCR反應(yīng)不慎，可能疏忽地加入自己的DNA。同樣警察或現(xiàn)場勘察人員如果操作不當(dāng)會污染收集到的作為證據(jù)的樣本。因此，每件物證的收集要用干凈的鑷子或勤換一次性手套。
為發(fā)現(xiàn)實驗室污染，要保留法醫(yī)DNA實驗室成員的基因型分型，作為污染DNA分型的可能性記錄。這是經(jīng)常提到的工作人員排除數(shù)據(jù)庫。實驗室人員在PCR擴增之前處理樣本時要穿工作服( Ruyyt et aJ．，2003)。適當(dāng)?shù)恼诒挝?，如實驗用衣物、手套、面罩、發(fā)網(wǎng)用來預(yù)防皮膚細胞或毛發(fā)脫落到擴增管中。這些細致的操作在處理微量或降解檢材時尤為重要。
一些實驗室避免PCR污染的技巧如下：
(1)前PCR和后PCR的樣本操作過程在空間上要分開。通常使用一個獨立的房間或超凈工作櫥進行PCR擴增反應(yīng)。
(2) PCR用的移液器、試劑等物品要與實驗室的其他器材分開放置，特別是與分析PCR產(chǎn)物的器材分開。
(3)要戴一次性手套并經(jīng)常更換。
(4)如果可能，反應(yīng)可在層流凈化罩中完成。
(5)在處理每一新樣本時要用防氣溶膠的吸頭并更換，防止交叉污染。
(6)試劑要小心處理防止出現(xiàn)DNA或核酸酶污染。
(7)當(dāng)PCR擴增區(qū)不用時，用紫外線照射，使用異丙醇和（或）lOc/o漂白溶液清潔工作區(qū)和儀器。確保在DNA提取時或PCR之前破壞無關(guān)的DNA( Kwok及Higuchi，1989；Prince及Andrus，1992)。
當(dāng)一個未被擴增的樣本被擴增DNA污染，會導(dǎo)致PCR產(chǎn)物的繼續(xù)擴增。擴增DNA比沒擴增的DNA濃度要大很多，在PCR反應(yīng)中會優(yōu)先復(fù)制，而未擴增的DNA會被掩蓋。疏忽地將很小體積的完全擴增DNA混入未擴增的DNA中，會導(dǎo)致擴增和檢測的“污染”。因此，法醫(yī)實驗室對作為證據(jù)的樣本要在嫌疑人樣本之前進行檢測，避免現(xiàn)場作為證據(jù)的樣本被嫌疑人的擴增DNA污染。
移渡器的吸頭不要重復(fù)使用。在吸頭中的一小滴PCR產(chǎn)物含有10億個可擴增的序列 拷貝。相比而言，1ng的人類基因組DNA僅含單拷貝DNA標(biāo)記約300個。