不幸的是由于恐怖主義的威脅以及生化武器的運用，未來法醫(yī)微生物檢測將很有可能占據(jù)DNA檢測工作的大部分。微生物證據(jù)可能來自真是的恐怖事件或恐嚇案件，因此，在這個領(lǐng)域中要求法庭科學(xué)實驗室與院校、私人研究機構(gòu)、我國實驗室建立較強的合作關(guān)系。在生物威脅的案件中，需要建立對混合檢材高度敏感度、高特異性、高效快速的檢測方法，發(fā)展便攜式的檢測裝置，建立我國內(nèi)部用于檢測結(jié)果可靠程度的操作標(biāo)準(zhǔn)和參照。

    2001年10月，一次生物恐怖事件引起極大關(guān)注，一些美國政府官員和媒體收到含有炭疽桿菌的郵件，這些郵件造成了22人感染炭疽熱，其中五人死。在之后的幾個月內(nèi)許多人都害怕拆開他們的郵件。在這次攻擊后的兩年里，有12.5萬郵件被檢測，但迄今為止仍沒有人聲稱對此次恐怖事件負(fù)責(zé)。

    搜集生物犯罪證據(jù)、確定生物種類以及搜尋生物來源方面仍存在許多難題。在有生物武器的犯罪現(xiàn)場，第一個到達(dá)場的案件處理人員在采集現(xiàn)場證據(jù)的同時，必須確保自身及其他人員的人身安全，盡量避免對證據(jù)和環(huán)境的污染。要建立原始物種和具有生物威脅物種的數(shù)據(jù)庫，以用做比對的目標(biāo)，同時進(jìn)行確認(rèn)實驗來排除假陽性和假陰性。

    據(jù)一份警方報紙上報道，美國正在致力于建立針對生物恐怖的反恐應(yīng)急機制。FBI已經(jīng)成立了微生物遺傳學(xué)與法庭科學(xué)工作組，旨在建立法醫(yī)微生物學(xué)方面的操作指南。目前，對于可用于恐怖主義襲擊的生物試劑，已經(jīng)有許多方法可以進(jìn)行分析和鑒定，并且這個領(lǐng)域的研究仍持續(xù)下去。

    在調(diào)查易感性疾病暴發(fā)的案例時，基因組測序可謂一種行為有效的工具，對炭疽熱病毒的全基因組測序工作已經(jīng)開始進(jìn)行。人們已經(jīng)承認(rèn)了HIV病毒所引起損傷的系統(tǒng)分析方法，并且該方法已可以用作法庭證據(jù)。然而，由于細(xì)菌的和病毒的無性繁殖以及克隆非常普遍，因此，在現(xiàn)場物證和參照樣本的比對上其準(zhǔn)確性相對于人類個體識別鑒定而言是偏低的，因此有性繁殖會將每一代遺傳信息都糅合起來。