X-STR為性連鎖遺傳，以單倍提形式傳給子代。一次，X-STR有其應(yīng)用方面的特點，尤其是單親父女關(guān)系的親權(quán)親子鑒定。父子親權(quán)關(guān)系可以通過父系遺傳的Y-STR基因座分析直接確定父權(quán)關(guān)系，母系或母女關(guān)系親子鑒定可以通過母系遺傳的線粒體DNA序列分析確定親權(quán)關(guān)系。對于父女關(guān)系的單親，既不能應(yīng)用父系遺傳的Y染色體基因座，也不能應(yīng)用母系遺傳給其女兒。如果女兒的X-STR基因座的等位基因與被假定的父親不同，可以直接排除其父女關(guān)系，如果相同，則不能排除其父女關(guān)系，父權(quán)指數(shù)算法要比常染色體基因座簡單些，但排除率也低很多。三聯(lián)體或母子或母女關(guān)系鑒定，可參照常染色體基因座，但要注意每個X-STR基因座不是獨立的，表現(xiàn)為連鎖關(guān)系，以單倍型頻率計算為宜。

   另一個應(yīng)用時個體識別。除具有與常染色體STR功能外，對于男性除精液（斑）外的體液（斑痕）或組織樣品，單一男性樣品DNA只有一個X染色體DNA，X-STR基因座只有一個等位基因。如果出現(xiàn)二個或二個以上等位基因則表明被檢驗樣品混有其他個體DNA，為混合樣品。即使是同胞個體間DNA混合樣品，也有可能被檢出。