1996年在柏林召開了第一屆Y-STR分型學(xué)術(shù)會議，統(tǒng)-了Y-STR的命名原則，建議用核心序列重復(fù)數(shù)命名STR等位基因，用小數(shù)點后的數(shù)表示不完整核心序列的堿基對數(shù)。隨著Y-STR研究和應(yīng)用的迅速發(fā)展，ISFG于2001年公布了關(guān)于Y-STR的最新應(yīng)用指導(dǎo)建議(Gill et a1．，2001)。目前有兩種基本格武，一是用“DYS***”表示，“D”代表DNA，“Y”代表Y染色體，“S”代表單一序列(single sequence)，“**-x”為STR的順序號，如“DYS390”、“DYS389I／Ⅱ”等；二是用“Y-核心重復(fù)序列”表示，核心重復(fù)序列相同時附加順序號，如 “Y-GATA-A10”、“YCAI/II/III”等。ISFG同時指出，對于已經(jīng)廣泛采用的基因座，則繼續(xù)采用已有的名稱，而對于新發(fā)現(xiàn)的基因座，建議采用“DYS***”系統(tǒng)命名。等位基因根據(jù)具有個體差異的包括簡單或復(fù)雜序列結(jié)構(gòu)在內(nèi)的完全重復(fù)次數(shù)命名，小數(shù)點后的數(shù)表示不完整核心序列的堿基對數(shù)。
Y-STR呈連鎖遺傳，不符合Hardy-Weinberg平衡定律，它們的累積個體識別率不能按常染色體STR基因座的乘法規(guī)則進(jìn)行計算，其個體識別率的計算有特定的規(guī)則和公式。統(tǒng)計獲得的GD值和HD值（haplotype diversity，單倍型變異度）越大，說明該基因座或單倍型能提供的信息量越多，相應(yīng)的法醫(yī)遺傳學(xué)應(yīng)用價值越高。
對于Y染色體來說，GD值即等于PE值。對于群體樣本研究獲得的等位基因數(shù)據(jù)的分析，應(yīng)用直接計數(shù)法計算各個基因座的等位墓因頻率和單倍型頻率。各個基因座的GD值和HD值，利用公式：GD/HD=n (1-∑Pi2)／(n-l)(Pi為等位基因頻率，n為樣本數(shù))計算；標(biāo)準(zhǔn)誤(standard errors，SE)利用公式：SE-{2[∑Pi3-(∑Pi2)2／n}l／2 (Pi為等位基因頻率，n為樣本數(shù))計算；對于不同群體之間數(shù)據(jù)的對比分析，采用卡方(X2)檢驗(Hou et a1．，2001)。
